FAPACNE ez dago inongo erakunderen mende, eta honako helburu hauek ditu:

1.- Ikasleen prestakuntza osoa sustatzea eta garatzea, de los educandos a través de la comunidad hezkuntza komunitatearen bitartez eta ikastetxe bakoitzaren ideiak aintzat hartuz. Hezkuntza komunitatea ikastetxeko zuzendaritzak, irakasleek, ikasleek eta gurasoek edo tutoreek osatzen dute, eta bereziki azpimarratzekoa da gurasoen erantzukizuna komunitate horretan.

2.- Irakaskuntza askatasunerako eskubidea, printzipio hauen arabera:

          a.- Gurasoen eskubidea da seme-alabek zer-nolako hezkuntza izan behar duten                erabakitzea.

          b.- Haurrak hezkuntzarako eskubidea du, doakoa eta derrigorrezkoa hasierako                etapetan gutxienez.

          c.- Gurasoek (edo hala dagokionean, legezko tutoreek) eskubidea dute seme-                alabentzat edo pupiloentzat Agintari publikoek sortutakoak ez beste ikastetxe                batzuk aukeratzeko (baldin ikastetxe horiek Estatuak hezkuntza alorrean ezarri                dituen gutxieneko baldintzak betetzen badituzte), eta seme-alabek edo pupiloek                eskubidea dute beren gurasoen edo tutoreen sinesteekin bat datorren heziketa                erlijioso edo morala hartzeko.

3.- Irakaskuntzaren doakotasuna, honako hauek babesteko:
         
          a.- Gurasoen askatasuna seme-alabentzat ikastetxeak aukeratzeko, beren ideologiaren                arabera eta gizarte askotariko batean.
          
          b.- Herritarren askatasuna ikastetxeak sortu eta sustatzeko.
         
          c.- Gizarte integrazioa hezkuntzan; hots, eskolatze osoa eta gizarte estamentu guztien                eskubidea edozein ikastetxe hautatzeko.

4.- Administrazio eta Instituzio Publiko eta Pribatuekiko harremanak sendotzea, hezkuntza alorreko gai guztiak tratatzeko.

Arreta berezia eskainiko zaie hezkuntzaren plangintza eta antolamendu arazoei, kalitatearen nahiz finantza alorraren ikuspegietatik.

5.- Federazioko kide diren Elkarte guztiak babestea eta haien interesak defendatzea.

Ikastetxe bakoitzak bere izaera aldezteko duen eskubideari kalterik egin gabe, federazioak elkarte guztiei lagundu egingo die, Ikastetxearen eraketan, garapenean eta defentsan parte hartzen, federazioaren oinarrizko xedeen arabera, inongo ideologiaren defentsa egin beharrik gabe.